不動産の譲渡所得に関する特別控除とは？譲渡所得の計算式と7つの特例を解説

不動産を売却し利益が出ると、譲渡所得税が課税されます。

しかし、譲渡所得税は特別控除（特例）を活用することで節税が可能です。

特別控除はいくつかあり、どれを適用するかによってお得さが変わってきます。

この記事では、不動産の譲渡所得の計算方法や、特別控除の種類、適用方法などを分かりやすく解説します。

不動産の譲渡所得の特別控除とは？

不動産の譲渡所得に対する特別控除とは、譲渡所得に対して適用できる控除のことです。

譲渡所得から一定額を差し引けるので、譲渡所得にかかる税金の節税が見込めます。

そもそも不動産の譲渡所得とは？

不動産の譲渡所得とは、不動産を売却した際の利益のことです。

例えば、3000万円で買った家を5000万円で売却した場合、利益の2000万円が譲渡所得になります。

譲渡所得は、所得税・住民税の対象です。

また、給与所得などとは区別され、譲渡所得のみで課税されるため、譲渡所得にかかる税金の計算方法などを押さえておく必要があります。

譲渡所得の計算式

譲渡所得は、以下の計算式で求められます。

取得費とは、売却した不動産の購入代金に、仲介手数料や登録免許税などの費用などを含めた総額のことです。

なお、建物の売却の場合は、取得費から減価償却費を差し引く必要があるので注意しましょう。

不動産の減価償却費は、建物の構造と用途に応じて毎年一定額をマイナスしていく形で計算します（減価償却の計算方法はこちら）。

一方、譲渡費用とは、売却時にかかった仲介手数料などの費用です。

売却金額からこの取得・購入時にかかった費用を差し引いた額が、譲渡所得となります。

また、譲渡所得からはさらに特別控除を差し引くことができ、その差し引いた額が課税対象額です。

譲渡所得の税率

特別控除まで差し引いてプラスが出れば、所得税・住民税が課税されます。

譲渡所得にかかる税金は「課税対象譲渡所得額×税率」で算出でき、税率は以下の通りです。

所有期間5年を境に、短期譲渡所得・長期譲渡所得に分かれそれぞれ税率が異なります。

また、2037年までは所得税に東日本大震災への復興資源となる復興特別所得税も加算された額が徴収されます。

短期譲渡所得に区分されると長期譲渡所得の2倍近く高い税率となるので、売却時には所有期間も考慮するとよいでしょう。

条件を満たすことで特別控除の適用を受けることができる

譲渡所得からは、特別控除を差し引くことが可能です。

例えば、代表的な特別控除である「3000万円特別控除」を適用した場合、譲渡所得が4000万円であれば、3000万円を控除した1000万円が課税対象となります。

特別控除を適用することで課税対象となる譲渡所得額を削減でき、税金の節税につながるのです。

譲渡所得から差し引ける特別控除には、3000万円特別控除以外にもいくつか種類があります。

また、それぞれ適用できる要件が異なるので、自分のケースに合った特別控除を選ぶことが大切です。

不動産の譲渡所得に関する特別控除の種類

不動産の譲渡所得に関する代表的な特別控除には、以下のようなものがあります。

それぞれの特別控除の概要を以下で紹介します。

なお、いずれの特例も細かい適用要件が定められているので、国税庁のホームページで確認するようにしましょう。

収用等により土地建物を売ったときの特例(5000万円特別控除)

土地収用法やその他の法律によって収用権¹が認められている公共事業のために、土地建物を売却した際に適用できる特例です²。

この特例では、以下のいずれかのどちらか1つを適用できます。

• 対価補償金等で他の土地建物に買い換えたときは譲渡がなかったものとする特例
• 譲渡所得から最高5000万円までの特別控除を差し引く特例

対価補償金等で他の土地建物に買い換えたときは譲渡がなかったものとする特例

収用等にともなって代替資産を取得した場合、売却した金額が買い換えの金額よりも多ければ譲渡所得にかかる税金を将来に繰り延べできます。

反対に、売却した金額が少なければ、買い換えた金額との差額を収入金額として譲渡所得の計算時に計上することが可能です。

譲渡所得から最高 5000万円までの特別控除を差し引く特例

譲渡所得から最大5000万円を控除できる特例です。

マイホームを売却したときの3000万円特別控除

マイホームである居住用建物・敷地を売却した場合、譲渡所得から最大3000万円を控除できます。

居住期間に関わらずマイホームの売却であれば適用できるので、家の売却で多く適用されている特例です³。

また、家を解体して土地として売却する場合でも、一定の条件を満たすことで特例が適用できます。

主な適用要件は以下の通りです。

• 自分の住んでいる家屋・敷地の売却
• 住んでいない場合は、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までの売却
• 家屋を取り壊す場合は、土地を壊してから駐車場などに利用していないこと、また住まなくなった日から3年以内かつ取り壊してから1年以内の売却であること
• 他の特例を一定期間適用していないこと
• 売主と買主が親子や夫婦など特別な関係でないこと

この特例は検討しやすいので、細かい要件は国税庁のホームページで確認し適用できるか調べてみるとよいでしょう。

被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例(3000万円特別控除)

相続した空き家の売却で適用できる特例です。

要件を満たす相続した空き家を売却した場合、譲渡所得から最大3000万円を控除できます⁴。

なお、相続人の人数が3人以上の場合は、最大2000万円となるので注意しましょう。

ただし、この特例は昭和56年5月31日以前に建築された建物であることや、相続開始時に被相続人（亡くなった人）以外に居住者がいないなど、不動産の細かい適用要件を満たすことが必要です。

また、解体して更地にするか建物を耐震補強する必要があるため、適用のハードルが高い特例ともいえるでしょう。

特定土地区画整理事業等のために土地等を譲渡した場合の所得の特別控除(2000万円特別控除)

特定土地区画整理事業とは、国土交通省が推進する大都市圏の大都市地域で行われる土地区画整理事業です。

特定土地区画整理事業が行われる際は、古くなった建物や道路が多いエリアの土地を集めて、再び区画分けをします。

そして、新しい道路や公園を作り、住みやすく便利な地域に変えていくのが目的です。

また、土地を提供した住民には、新たに整理された土地が公平に分配されるように調整されます。

この特定土地区画整理事業のために、国や地方公共団体など一定の団体に土地等を売却した場合、譲渡所得から最大2000万円を控除できます⁵。

適用するためには、土地の面積や買主などの要件を満たす必要があるので、事前に確認するようにしましょう。

特定住宅地造成事業等のために土地等を譲渡した場合の所得の特別控除(1500万円特別控除)

地方公共団体などの一定の団体が行う宅地造成事業等のために土地を売却した場合、譲渡所得から最大1500万円を控除できる特例です⁶。

宅地造成事業等の事例には「幕張ベイタウン」や「つくば市の研究学園都市」といったニュータウン開発があります。

都市部エリアだけでなく、山間部を含む「けいはんな学研都市（関西文化学術研究都市）」のような事例もあります。

この特例は3000万円特別控除や買換え特例など他の特例と併用できないため、どの特例を適用したほうがお得になるかは慎重にシミュレーションするようにしましょう。

平成21年及び平成22年に取得した土地等を譲渡したときの1000万円の特別控除

平成21年に取得した土地などを平成27年以降、平成22年に取得した土地などを平成28年以降に売却した場合、譲渡所得から最大1000万円を控除できる特例です⁷。

購入年・売却年が細かく指定されており、親子や夫婦間などの売却でない、相続や遺贈などで取得した土地でないなど細かい要件があります。

この特例は、東日本大震災後の復興支援や、地域経済の活性化を図る目的で設けられました。

農地保有の合理化のために農地等を譲渡した場合の連結所得の特別控除(800万円特別控除)

農地経営の拡大や農地の集団化促進など、農地保有の合理化を目的とした農業委員会のあっせんなどによって農地を売却した場合、最大800万円を控除できます⁸。

特別控除以外で使える不動産の譲渡所得に関する特例

譲渡所得にかかる税金は、特別控除以外の特例を適用することでも節税が見込めます。

ここでは、特別控除以外で適用を検討できる特例として、以下の3つを解説します。

• 10年超所有の軽減税率の特例
• 居住用財産の買い替え特例
• 居住用財産の買い替えに係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例

10年超所有の軽減税率の特例

10年超所有の軽減税率の特例とは、所有期間が10年を超えるマイホームの売却で使える特例です。

この特例を適用することで、譲渡所得6000万円以下の部分の税率を14.21%（所得税＋復興特別所得税＋住民税）まで引き下げられます⁹。

ただし、所有期間だけでなく売却までの期間や売却額など、細かい要件を満たす必要があります。

また、この特例はマイホームの3000万円特別控除との併用が可能です。

例えば、譲渡所得が4000万円の場合、3000万円特別控除で課税譲渡所得を1000万円まで削減したうえで、軽減税率の特例も適用できます。

両方の特例を適用すれば節税効果もより高くなるので、適用要件を調べて検討するとよいでしょう。

居住用財産の買い替え特例

マイホームの買換え（住み替え）に伴う売却の際に適用できる特例です¹⁰。

この特例では、今の家を売却した際の譲渡所得を、購入した新居を将来売却するまで繰延べできます。

例えば、売却で2000万円の譲渡所得が生じる場合でも、この特例を適用することでその年は譲渡所得に対する税金が発生しません。

しかし、将来新居を売却し3,000万円の譲渡所得が発生すると、繰延した2000万円が加算され、税金が発生するのです。

この特例は、3000万円特別控除のように税金の免除にはならず、あくまで将来に繰り延べするだけです。

とはいえ、将来新居を売却しないのであれば税金が発生しないので、税負担の大きな軽減も見込めます。

3000万円特別控除との併用はできないため、どちらの特例を適用したほうがお得になるかは長期的なシミュレーションをもとに検討するようにしましょう。

居住用財産の買い替えに係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例

現在の不動産はバブル期のように大きく値上がりするケースがほとんどないため、譲渡所得がマイナス（赤字）になるケースも少なくありません。

譲渡所得がマイナスの状態を、譲渡損失と呼びます。

譲渡損失が発生した場合に税金は発生しませんが、損失時に適用できる特例の検討が可能です。

損失時に適用できる特例に「居住用財産の買い替えに係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例」があります。

この特例では、買換えに伴う売却で譲渡損失が出た場合、その損失分を給与所得などの他の区分の所得と損益通算（相殺）できます。

例えば、譲渡損失が1000万円で給与所得が400万円なら、その年の給与所得が0円となり、給与所得にかかる所得税・住民税の節税につながります。

また、その年だけで控除しきれない分は、翌年以降3年に渡っての控除が可能です。

複数年所得税・住民税の節税が見込めるので、損失が出る場合でも確定申告して適用をすると良いでしょう。

特別控除の適用を受けるためには確定申告が必要

譲渡所得が発生する場合は、確定申告をして納税する必要があります。

その際に、各種特別控除や特例も併せて申告します。

仮に、特例を適用すれば税金が発生しない場合でも、特例適用自体に確定申告が必要のため、忘れずに確定申告を行うようにしましょう。

また、特例を適用せずに譲渡損失が出る場合は、税金が発生しないため確定申告は不要ですが、前述のような損失時の特例を適用する場合は確定申告が必要です。

確定申告時期は、売却した年の翌年2月16日から3月15日です。

期限内に確定申告しない場合、無申告加算税などのペナルティが科せられる恐れもあるので、期限に間に合うように用意を進めていきましょう。

以下では、確定申告の必要書類や流れを解説します。

確定申告の必要書類

譲渡所得の確定申告では、以下の書類が必要です。

• 確定申告書
• 譲渡所得の内訳書（分離課税用）
• 売却した不動産を購入した際の売買契約書の写し
• 売却した不動産を購入した際の領収書の写し
• 売却した際の売買契約書の写し
• 売却した際の領収書の写し
• 登記事項証明書
• 本人確認書類
• 給与所得等の源泉徴収票
• 各種特別控除適用のための書類（適用する特別控除により異なる）

確定申告書や譲渡所得の内訳書は、国税庁のホームページなどからダウンロード可能です。

国税庁のホームページには記載例も掲載されているので、参考にしながら漏れのないように作成しましょう。

また、譲渡所得を算出する際の取得費・譲渡費用を証明するための各種契約書と領収書などが必要です。

証明する書類がないと費用計上できないため、大切に保管しておくようにしましょう。

特別控除や特例を適用する場合、適用する種類に合わせた書類も必要です。

国税庁のホームページなどを確認して書類の不足がないように用意しましょう。

確定申告の流れ

確定申告の大まかな流れは、以下の通りです。

• 必要書類の収集
• 確定申告書の作成
• 管轄の税務署に申告

必要書類と作成した申告書を添えて、管轄の税務署に期限内に申告します。

申告方法は、窓口だけでなく郵送やe-Taxでの申告も可能です。

申告書の作成などに不安がある場合は、税理士などに相談することをおすすめします。

申告時期になれば自治体の無料相談コーナーなどが設けられるケースも多いので、活用するのもおすすめです。

とくに、売却金額が高額になる場合は慎重に税金を計算する必要があるので、プロに相談するとよいでしょう。

不動産の譲渡所得に50万円の特別控除は使える？

譲渡所得とは、不動産に限らず一定の資産を売却した際に発生する所得です。

また、譲渡所得の計算の際には、特別控除として50万円を差し引くことができます。

ただし、この50万円の特別控除は、不動産・株式の譲渡所得は対象となりません。

不動産の譲渡所得は分離課税で不動産以外の譲渡所得は総合課税

不動産の譲渡所得は分離課税の対象となり、給与所得や他の譲渡所得とは合算せずに税金を計算します。

一方、不動産・株式以外の譲渡所得は、総合課税の対象です。

株や不動産以外、例えば暗号資産（仮想通貨）の譲渡所得は雑所得に分類され、2024年12月時点では総合課税の対象です。

そのため、給与所得など他の所得と合算した額に所得税・住民税が課せられます。

ただし、合算する際には長期譲渡所得は2分の1相当額を合算するなど、計算も複雑になるので注意しましょう。

不動産以外で譲渡所得の課税対象となる資産の例

不動産以外で譲渡所得の対象となる資産には、以下のようなものが挙げられます¹¹。

• 株式などの有価証券
• ゴルフ会員権
• 金地金・宝石
• 骨とう品
• 船舶や機械器具
• 特許権や著作権　など

反対に、家具や通勤用の車といった通常の生活に必要な動産（生活用動産）の売却は、譲渡所得に含まれません。

また、譲渡所得の対象となる資産であっても、事業用などは事業所得の対象となるため譲渡所得には加算されません。

なお、譲渡所得が発生する「譲渡」とは、売却以外にも交換や競売・公売・財産分与・収用なども含まれるので注意しましょう。

不動産以外の譲渡所得の計算式

不動産・株式以外の譲渡所得は、以下の方法で求められます。

所有期間5年以下の短期譲渡所得と、5年超の長期譲渡所得の収入額から、それぞれの取得費・譲渡費用を差し引いた額が譲渡所得です。

また、この額からさらに50万円の特別控除を差し引けます。

なお、特別控除は短期譲渡所得から先に差し引き、余った場合に長期譲渡所得から差し引けます。

両方から差し引く場合でも、合計額は50万円までなので注意しましょう。

50万円以下の譲渡益は申告不要で特別控除を受けられる

不動産・株式以外の譲渡益は、50万円以下であれば税金が発生しないので確定申告不要です。

また、不動産の特別控除のように特別控除適用のための確定申告も不要となります。

まとめ

不動産を売却した利益は譲渡所得と呼ばれ、所得税・住民税が課税されます。

しかし、譲渡所得には3000万円特別控除などの各種特別控除や特例が用意されているので、上手に適用することで節税が可能です。

特別控除や特例を適用する場合は、確定申告して申請するようにしましょう。

譲渡所得の計算や適用すべき特例について不安がある場合は、不動産会社や税理士などのプロに相談することをおすすめします。

控除を上手に活用して、不動産売却のお金が少しでも多く手元に残るようにしましょう。